Pri mnohých druhoch ekzému je príčina vzniku neznáma. Veľké množstvo ekzémov však zapríčiňuje kombinácia génov a určitých vnútrotelových spúšťačov.
Hovorí sa, že ľudia, ktorí trpia ekzémom, majú nadmerne reaktívny imunitný systém. Z toho vyplýva, že ekzém je reakcia imunitného systému na látku v tele, alebo mimo neho (napr. alergény vo vzduchu). Ekzém teda môžeme považovať za autoimunitné ochorenie, ktoré, keď sa v tele človeka spustí, prejavuje sa začervením, zápalom a svrbivými bolestivými vyrážkami po celom tele. Niektoré výskumné štúdie preukázali, že spojivom s touto komplexnou poruchou môže byť špecifický gén nazývaný Filaggrin. Filaggrin hrá kľúčovú úlohu vo funkcii epidermálnej bariéry a asociácia s atopickou dermatitídou ukazuje jeho dôležitosť. Ľuďom trpiacim na ekzémy pravdepodobne chýba časť spomínaného génu a to ich robí veľmi zraniteľnými voči vonkajším a vnútorným spúšťačom.
Aj keď nie je známa presná príčina ekzému, určite existuje veľa spúšťačov, ktoré môžu mať vplyv na závažnosť ekzému. Niektoré z nich sú: